『ゼルダ無双』と同じくコーエーテクモゲームスのスタッフがサウンドを担当。 過去作の楽曲のアレンジが使われており、『ファイアーエムブレム 覚醒』と『ファイアーエムブレムif』からの曲が中心。
Switch版ではマップ画面へ切り替えた際に、BGMがシームレスで別バージョン(「～静寂」という曲名)に切り替わる。 サントラは特典版のプレミアムボックスに付属されていて、サウンドテストでは聞けない曲も収録されている。